8 апреля 1707 г. (28 марта по старому стилю) датирован старейший известный на сегодняшний день документ, в котором упоминается церковь преподобного Исаакия Далматского при Санкт-Петербургском Адмиралтействе. Он хранится в фондах Российского государственного архива Военно-Морского флота (РГАВМФ) и озаглавлен следующим образом: «Роспись, что надлежит построить при Адмиралтейском дворе: церковной утвари в церковь святаго Исаакия Далматцкого».
В документе перечисляется необходимое для совершения богослужения священническое облачение и богослужебные предметы, необходимое количество свечей и вина, а также денег на ладан и просфоры. «Роспись» была утверждена главой Адмиралтейского ведомства адмиралом Ф. М. Апраксиным, после чего направлена непосредственным исполнителям – делопроизводителям Клеонтию Мокушову и Семену Степанову.
Из этого ценного источника мы узнаем ведомственную принадлежность Исаакиевской церкви к Адмиралтейству, ее примерное местоположение (недалеко от верфи), имена конкретных людей, связанных с ней, количество необходимого облачения и утвари для совершения богослужений. Скорее всего, первоначальная деревянная церковь была возведена к весне 1707 г. и готова для начала в ней литургической жизни, что и потребовало составления рассматриваемого документа. Более поздние документы, датированные началом июня 1707 г., свидетельствуют, что к этому времени в Исаакиевской церкви богослужения уже совершались. Поэтому освящение храма вполне могло состояться в день памяти преподобного Исаакия Далматского, 30 мая 1707 г., хотя сведений об этом в источниках пока не обнаружено. Таким образом, временем основания Исаакиевской церкви при Адмиралтействе можно аргументированно считать весну 1707 г.